Quần đảo là cực đông của tỉnh Maluku, và nằm ở biển Arafura thuộc phía tây nam New Guinea và phía bắc Australia. Tổng diện tích của quần đảo là 8.563 km² (3.306 mi²). Hòn đảo lớn nhất là Tanahbesar (cũng gọi là Wokam); Dobo, cảng chính của quần đảo, nằm trên đảo Wamar, ngay ngoài khơi Tanahbesar. Các đảo chính khác là Kola, Kobroor, Maikoor, và Trangan. Các đảo chính nổi lên thành những ngọn đồi thấp, và tách nhau bằng các kênh uốn khúc. Về mặt địa chất, nhóm đảo là một phần của châu Úc, cùng với New Guinea, Tanimbar, Tasmania và Timor thuộc mảng Ấn-Úc.

Aru được bao phủ bởi một sự kết hợp giữ rừng lá rộng nhiệt đới ẩm, xa van, và rừng ngập mặn. Quần đảo nằm trên thềm lục địa Australia-New Guinea, và kết nối với Australia và New Guinea bằng lục địa khi mực nước biển xuống thất trong các kỷ băng hà. Các loài động thực vật tại Aru là một phần của hệ sinh thái Australasia, và có quan hệ gần gũi với New Guinea. Aru là một phần của hệ sinh thái cạn rừng mưa đất thấp Vogelkop-Aru cùng với phần lớn miền tây New Guinea,.

Là một phần trong tiến trình phi tập trung hành chính và chính trị của Indonesia sau khi Suharto bị hạ bệ năm 1998, quần đảo Aru nay là một huyện độc lập (kabupaten), trụ sở đặt tại Dobo, tách khỏi huyện Maluku.